Universiti Sultan Zainal Abidin (UniSZA) bermula sebagai Kolej Ugama Sultan Zainal Abidin (KUSZA). KUSZA mula beroperasi pada 1 Januari 1980 di Batu Burok sebelum berpindah ke Bangunan Hajah Wook di Pulau Kambing pada tahun 1981.

KUSZA dinaik taraf ke universiti dan menjadi Universiti Darul Iman (UDM). UDM telah menjalani proses penjenamaan semula pada 14 Mei 2010 dan dikenali sebagai Universiti Sultan Zainal Abidin (UniSZA). Nama Almarhum Sultan Zainal Abidin III Muazzam Shah ibni Almarhum Sultan Ahmad Muazzam Shah II, Sultan Terengganu ke-11 diguna pakai bagi menghormati jasa Duli Yang Maha Mulia dalam menyebarkan ilmu dan agama di negeri Terengganu.

Pada 29 November 2013, logo UniSZA baharu telah diperkenalkan. UniSZA kini beroperasi di tiga kampus iaitu Kampus Gong Badak (Kuala Nerus) sebagai kampus induk, Kampus Perubatan (Kuala Terengganu), dan Kampus Besut, serta mengendalikan pejabat satelit di Putrajaya.